Pierwotnie – w budynku naszej szkoły – mieścił się Zespół Szkół Budowlanych im. Gabriela Narutowicza. W 1990 roku zostało założone VI Liceum Ogólnokształcące, istniejące wspólnie z klasami technikum zawodowego. W tym czasie ZSB utraciło swoje imię, a liceum, z racji tego, że było nowo powstałe, nie otrzymało jeszcze takowego. Obie szkoły funkcjonowały więc bez imienia. Szkoły istniały wspólnie do 1993roku, kiedy to odeszły ostatnie klasy ZSB.

W 1992 roku dyrekcja VI LO wystąpiła do Kuratorium Oświaty z prośbą o utworzenie klas o rozszerzonym programie wychowania fizycznego. 1.09.1995 roku została podjęta decyzja o rozwiązaniu szkoły zawodowej i technikum budowlanego. Od tego czasu VI LO zaczęło działać jako samodzielna jednostka szkolna.

Rozpoczęto starania o nadanie szkole imienia. W tym celu zorganizowano referendum wśród społeczności szkolnej, w wyniku którego na patrona szkoły wybrano Gabriela Narutowicza. Uchwałą Rady Miejskiej w Olsztynie, dnia 15.01.1997 roku nadano VI LO z siedzibą w Olsztynie przy ulicy Pstrowskiego 5 imię Gabriela Narutowicza. Uchwała ta obowiązuje od 17.03.1997 roku. W rocznicę urodzin Gabriela Narutowicza organizowany jest wśród klas pierwszych konkurs wiedzy o patronie.

Poczyniono starania o przyznanie szkole sztandaru. Wspólnymi silami uczniów, nauczycieli oraz licznych sponsorów udało się zebrać potrzebne pieniądze na projekt oraz wykonanie sztandaru.

W rok po nadaniu szkole imienia, odbyła się uroczystość przekazania sztandaru. Swoją obecnością zaszczycili nas licznie zgromadzeni goście:

• prezydent miasta Olsztyna
• dyrektorzy olsztyńskich liceów wraz z pocztami sztandarowymi
• dyrektorzy szkół średnich im. Gabriela Narutowicza z Warszawy, Łodzi i Bytomia wraz z pocztami sztandarowymi

oraz fundatorzy sztandaru:

• Pan Tadeusz Gazda
• Pani Jolanta i Michał Koszczuk
• Pan Stanislaw Bym
• Państwo Teresa i Henryk Lewandowscy
• Pan Jerzy Jabłoński, dyrektor Olsztyńskiego Kombinatu Budowlanego
• Pani Alicja Bączyk, dyrektor “Cezasu-Glob” w Olsztynie
• Pan Józef Malgrem, dyrektor “Chłodni Olsztyn”
• Pan Stanisław Brykała, dyrektor Centrali Produktów Naftowych “CPN”
• Oddział w Olsztynie- dowództwo Jednostki Wojskowej 2829 w Olsztynie